Después de la Paz de Augsburgo de 1555, se esperaba que se hubiera resuelto el problema de la convivencia pacífica de los católicos y de los protestantes alemanes; sin embargo, la situación empeoró a pesar del principio (adoptado quince años antes) de que cada región debía tener su propia religión, y finalmente las dos confesiones se constituyeron en dos facciones políticas.
La tensión llegó a un trágico clímax en la Guerra de los Treinta Años (1618-1648), que comenzó con la revolución de los bohemios contra el Santo Imperio Romano Germánico. El conflicto fue precipitado por intentos que se hicieron para instalar gobernadores católicos en distritos que eran definitivamente protestantes, con lo que se violaba la Paz de Augsburgo.
Además de las razones religiosas de esta guerra, hubo también motivos políticos. Después de algunos años Dinamarca fue arrastrada al conflicto, y a continuación lo fueron Suecia y finalmente Francia.
El momento dramático llegó cuando entró en el conflicto el rey de Suecia, Gustavo Adolfo, al sentirse obligado a ayudar a los protestantes que estaban en apuros en el continente europeo y, sin duda, también para lograr ventajas políticas para Suecia. En Lützen, 1632, los suecos obtuvieron una brillante victoria; pero allí fue muerto Gustavo Adolfo.
El ministro francés, el cardenal Richelieu, que abrogó parcialmente el edicto de Nantes, intervino en favor de los protestantes en la Guerra de los Treinta Años, porque su ambición en la escena política era aplastar a la Casa de Austria, que era católica, pero también enemiga tradicional de Francia en el continente europeo.
La guerra terminó con el importante tratado de Westfalia (1648) que, en términos generales, proporcionó paz religiosa en la Europa occidental. También fue un detallado documento político para los países de la Europa occidental, pues en él se reconoció a una cantidad de nuevos Estados soberanos.
Pero apenas hubo terminado la Guerra de los Treinta Años, Luis XIV invadió el Palatinado en tres ocasiones diferentes para saquear e incendiar. Esto originó una emigración masiva de alemanes, a muchos de los cuales dio la bienvenida Guillermo Penn en su territorio de Pensilvania que poco antes había adquirido en Norteamérica.
En menos de cien años el luteranismo, con el cual había comenzado la Reforma, se convirtió en un movimiento formalista y dogmático. Surgió lo que podría llamarse un nuevo escolasticismo en la Alemania luterana, basado en un sistema teológico complicado y sutil. Muchos luteranos temerosos de Dios, entre el clero y también entre los laicos de la iglesia, se alarmaron ante ese formalismo religioso.
En 1621 Johann Arndt recordó a sus contemporáneos que para ser un buen luterano era necesario comenzar siendo un buen cristiano. En una obra importante titulada Vom Wahren Christentum insistía en una profunda vida cristiana y destacaba la importancia de la piedad personal.
