El papa temía que se reuniera un concilio de la iglesia; pero el emperador Carlos V lo instó a convocar un concilio, pues aún tenía la ambición de alcanzar la unidad política y religiosa.
El concilio, que fue organizado en 1542 en Trento, ciudad imperial italiana, se reunió en forma intermitente desde 1545 a 1563.
El concilio debía haber tenido lugar antes; muchos sectores habían pedido una reunión tal, y aun Lutero al comienzo de su obra de reforma había pedido una convocación de esa clase.
Cuando el papa Pablo III convocó ese concilio, temía que hubiera presión política; no era tranquilizador el precedente de los concilios reformadores del siglo XV. Pero los jesuitas le ofrecieron una ayuda efectiva.
Carlos V, esperando que el problema de la unidad alemana se resolviera, pidió que hubiera una representación de príncipes protestantes y católicos.
Pero el papa desde el comienzo estuvo interesado únicamente en doctrinas que deseaba que se definieran como opuestas a los puntos de vista protestantes proclamados en la Confesión de Augsburgo en 1530.
En el primer período (1545-1547) se definió la doctrina católica como una respuesta a los puntos de vista protestantes.
Al principio predominaban los dominicos españoles, discípulos de Tomás de Aquino; pero pronto fueron desplazados por los jesuitas.
Se decretó que la fuente de la verdad se halla en la Biblia y además en la tradición. Esto dio poder a la iglesia para interpretar la Biblia a su manera.
En la definición de la justificación se confirmó la gracia divina como una enseñanza básica, pero también se retuvo la doctrina del mérito de las buenas obras. Se enseñó que el hombre coopera con la gracia divina mediante su libre albedrío, pero las buenas obras aumentan la posibilidad de la justificación.
La justificación, se afirmó, depende de los sacramentos, que son medios de salvación, y comienza con el bautismo, el primero de los sacramentos. Se aumenta con la confirmación y la eucaristía, y si se pierde, puede recuperarse mediante la penitencia y la confesión auricular.
En el segundo período del concilio (1551-1552) el emperador exigió que los protestantes participaran de los debates; pero la influencia protestante fue tan débil en la primera fase del concilio que no fue tenida en cuenta; sin embargo, cuando el papa Julio III inauguró este concilio, parecía que podría haber una base de acuerdo entre las dos confesiones.
Pero el deseo del emperador de que hubiera unión fue anulado inesperadamente por el retiro deMauricio de Sajonia, quien abandonó al emperador para servir a la causa protestante. Esto forzó al soberano a alejarse súbitamente del Concilio de Trento y también terminó con toda participación de los protestantes en el concilio.
El Concilio de Trento reanudó sus actividades después de diez años de interrupción, y entró en su tercer período (1562-1563).
Mientras tanto el protestantismo se había arraigado firmemente en Alemania y había sido reconocido oficialmente en la Paz de Augsburgo en 1555.
En el sector católico los jesuitas habían vuelto a insistir en los métodos de la Inquisición, y se debatió muchísimo la delicada cuestión del poder episcopal.
Desde allí en adelante se estableció que el principal dogma es el de la iglesia: una jerarquía divinamente instituida y divinamente preservada. El católico común debía permitir que el sacerdote fuera su guía, su "director espiritual".
Un dirigente de influencia, el cardenal Borromeo de Milán, especialista en educación religiosa, instó a que se fundaran seminarios teológicos. El concilio afirmó especialmente las siguientes instituciones religiosas básicas:
(1) el papa, en cuyas manos está el poder de la iglesia, como vicario de Jesucristo;
(2) el único texto de la Biblia que se aceptaba era el texto latino (la Vulgata), pero no al alcance de los laicos;
(3) los siete sacramentos.
Además debían construirse seminarios teológicos, y se creó la Congregación del Index para que examinara todo material impreso a fin de proteger la ortodoxia católica contra las publicaciones nocivas.
