Un siglo después de los días de Inocencio III, era evidente que el papado había entrado en un período de declinación que parecía presagiar su muerte.
El papa Bonifacio VIII (1294-1303) llegó al trono en un tiempo cuando las naciones, movidas por la fuerza de un nuevo nacionalismo, se enfrentaban mutuamente en las fronteras de Europa.
Inglaterra y Francia reñían guerras intermitentes debido a ciertas posesiones feudales inglesas en Francia, y un poderoso rey francés nuevamente desafiaba a un papa, esta vez procurando exigir impuestos al clero.
El papa Bonifacio VIII se esforzó por tratar con los reyes como lo había hecho Inocencio III; pero los tiempos ya no eran los mismos ni tampoco las personalidades, y fracasó.
El resultado fue que sucesivos papas fueron dominados por una Francia fuerte, y que desde 1305 hasta 1378 los pontífices fueran franceses, los cuales gobernaban una Iglesia Romana mutilada desde Aviñón, una pequeña posesión papal feudal del sur de Francia.
Durante ese período - conocido en la historia eclesiástica como el cautiverio babilónico - la ciudad de Roma se redujo a las proporciones de un pueblo pequeño, cuya población se estimó en determinado momento en menos de 20.000 habitantes.
La terminación del cautiverio babilónico del papado trajo una preocupación aún mayor para la Iglesia Católica y para Europa.
Un papa fue elegido, se comprometió a gobernar desde Roma, y así lo hizo; pero simultáneamente, un papa francés insistía en reinar desde Aviñón.
Dos papas gobernaban entonces lo que Bonifacio VIII, 75 años antes, había llamado orgullosamente "una sola iglesia santa".
Esa división se llama "el gran cisma".
Cuando el Concilio de Pisa en 1409 procuró acabar con el cisma eligiendo a un papa y deponiendo a los papas rivales, la situación se tornó aún peor, pues entonces tres papas pretendían tener derecho a la cátedra de San Pedro.
El problema finalmente fue resuelto por el Concilio de Constanza (1414-1417), en donde se depuso a los tres papas rivales y se eligió a un solo pontífice.
Otro asunto que decidió el Concilio de Constanza fue ordenar que se quemara a los dos reformadores checos, Hus y Jerónimo, lo cual fue hecho por los servidores del emperador a pesar de que se había expedido previamente un salvoconducto imperial que amparaba a Hus y a Jerónimo.
Después el papado estuvo en manos de hombres mucho más preocupados por las artes humanísticas y por la literatura que estaba fomentando el Renacimiento, que por la salvación de las almas o el bienestar de la iglesia.
El hostil desafío de la Reforma fue lo único que hizo que llegaran al trono pontificio papas con algún sentido de responsabilidad espiritual.
El llamado "cautiverio babilónico" de la iglesia y el Gran Cisma de Occidente desenmascararon ante toda la Europa occidental la debilidad y la corrupción de la iglesia, y así prepararon el camino para la trascendental Reforma que siguió en el siglo XVI.
