El protestantismo obligó a la Iglesia Católica a que definiera nuevamente su teología, a que se reorganizara como iglesia y a que evaluara de nuevo sus métodos de acción.
Los jesuitas, fruto del catolicismo español, fueron el instrumento más activo en la Contrarreforma.
Los católicos habían desarrollado un tremendo fanatismo religioso y patriótico en su lucha contra los moros. En el siglo XVI España se había convertido en la nación más importante del mundo, y la realeza española procuraba establecer su absolutismo en política y en religión.
Ignacio de Loyola (1491-1556) fue especial y eficazmente activo en la prosecución de esta última meta.
El fundador de la orden de los jesuitas comenzó como soldado. Fue herido en 1521 en la batalla de Pamplona, abandonó la carrera militar, decidió convertirse en un soldado consagrado al papa y especializarse en la eliminación de los enemigos de la iglesia.
Después de experimentar la angustia de luchas internas, ofreció sus servicios al papa para propagar la fe católica y reprimir la herejía.
Fundó la Compañía de Jesús en Montmartre, París, en 1534. Esto fue aprobado por el papa Pablo III, en 1540, mediante la bula Regimini militantis Ecclesiae.
Los jesuitas pronuncian los votos monásticos acostumbrados, y además hacen un voto particular de obediencia al papa. La orden fue fundada sobre el principio de una completa renuncia al juicio individual y la aceptación de una disciplina militar.
Loyola escribió un tratado, Ejercicios espirituales, en el que indica cómo la voluntad del individuo puede y debe someterse y cómo cada persona debería someterse completamente a la voluntad de su superior, el cual personifica a Cristo.
Este principio se opone a la idea protestante de que el individuo sólo debe obedecer a su conciencia iluminada por las Escrituras, que son la autoridad suprema en materia de fe.
Los jesuitas pudieron restaurar la confianza de los católicos alemanes. Se infiltraban en las escuelas y tomaban la iniciativa en todas las empresas importantes. También influían en los estadistas mediante un oportunismo maquiavélico y fomentaban la idea de la reserva mental.
Deben ser considerados como instigadores de muchas acciones contra los protestantes, como la matanza de San Bartolomé y también las grandes crisis de Alemania que culminaron con la Guerra de los Treinta Años (1618-1648).
Los jesuitas demostraron ser una milicia que hizo posible que la Iglesia aplicara sus métodos de autoridad absoluta y centralizara todo su poder en el papado.