Cuando los separatistas o independientes fueron perseguidos en Inglaterra, algunos de ellos buscaron refugio en el continente europeo, particularmente en Holanda, que era un baluarte calvinista.
Fue en Amsterdam donde se levantó la primera iglesia bautista inglesa en medio de los separatistas, bajo el liderazgo de John Smyth, quien murió en 1612.
Los separatistas, que eran despreciados por los anglicanos conservadores y aun por un amplio sector de los puritanos ingleses, no encontraron la solución para sus problemas en Holanda y entablaron negociaciones con la Compañía de Virginia.
Fueron invitados a ir a la colonia de Virginia por Sir Edwin Sandys, quien concedió tierras a la congregación de Leyden en lo que se llamaba las "partes del norte de Virginia"; pero el Mayflower, en el que habían embarcado 102 peregrinos, en vez de llevarlos al territorio convenido, los condujo en noviembre de 1620 a las áridas costas del cabo Cod, que pertenecía a la Compañía Plymouth.
Los peregrinos no estaban legalmente autorizados para establecerse allí; además, no se había organizado ningún gobierno para esa región, por lo tanto, los colonizadores antes de desembarcar redactaron una carta constitucional propia, un documento llamado el "pacto del Mayflower".
Cada miembro convino en apoyar a la mayoría. Todos los hombres constituían la asamblea, que se convirtió en un cuerpo tanto legislativo como judicial y que elegía a un gobernador y a sus ayudantes. A partir de esos comienzos formaron un sistema de gobierno sólido para las unidades locales a medida que aumentaba el número de habitantes y comunidades, y cada una de ellas enviaba representantes a la corte general o asamblea de toda la colonia.
Debe aclararse que de los aproximadamente cien peregrinos que llegaron con el Mayflower, sólo doce constituyeron la feligresía de la primera iglesia.
Un segundo éxodo de disidentes ingleses que vinieron al Nuevo Mundo tuvo lugar durante el reinado de Carlos I, y entre ellos había una cantidad de puritanos. Un grupo de esos disidentes se reunió en Cambridge, Inglaterra, bajo la dirección de John Winthrop, y organizó una compañía cuyo control dependía de los que habían ido a América.
Consiguieron el derecho a las tierras en la bahía de Massachusetts, al norte de Plymouth, y durante el año 1630 llegaron aproximadamente unos mil llamados "peregrinos". A esto se llama la "Gran Migración". Alrededor de 1642 había en la colonia unas dieciséis mil personas.
La colonia de la bahía de Massachusetts se basaba en principios teocráticos: la legislación del Antiguo Testamento era el modelo para el castigo de brujería, blasfemia, idolatría, juegos de azar y la profanación del "día del Señor".
El proceder de estos colonizadores por lo menos era tan intolerante como el de aquellos de los cuales habían huido.
Algunos desacuerdos que hubo en Massachusetts condujeron a la iniciación de otra Colonia, la de Rhode Island. Sus fundadores, el joven pastor Rogelio Williams y la Sra. Ana Hutchinson y sus seguidores, fueron expulsados de Massachusetts debido a sus puntos de vista en cuanto a la religión.
En 1636 Williams y otros fundaron Providencia en la bahía de Narragansett, la que debía ser un "refugio para personas cuyas conciencias eran forzadas".
Los seguidores de la Sra. Hutchinson se establecieron poco después en Portsmouth, en una isla cercana, y un poco después comenzó el establecimiento de Newport. En todos esos pueblos se concedía completa libertad de religión y de palabra, y en 1663 formaron una unión y recibieron una carta constitucional de Carlos II.
