La iglesia de Roma ha sido tradicionalmente intolerante por naturaleza y por principio, pues ha sostenido que como es la única iglesia verdadera ninguna otra tiene derecho de existir.
Con claridad ha afirmado que sólo en la Iglesia Católica hay salvación y que los herejes deben volver al seno de la iglesia madre. Si se negaban a volver, era mejor que murieran pues no lograrían la salvación y constituían un constante peligro para los fieles.
Desde el Concilio Vaticano II esta posición se ha suavizado. La Iglesia Católica ahora habla de la necesidad de ganar a los "hermanos separados", pero afirma que sólo debe usarse la persuasión para lograrlo. El protestantismo claramente enunció el principio de libertad de conciencia; pero permaneció sólo como un principio durante mucho tiempo.
El protestantismo también exigió en la práctica plena sumisión a la que consideraba Unam Sanctam, "La única santa iglesia". Los que se oponían a esas enseñanzas eran disciplinados y aun muertos, como sucedió en Ginebra con Miguel Servet.
Antes de la Revolución Francesa se esperaba que la gente aceptara y practicara la religión del príncipe que la gobernaba. Por ejemplo, en una región de Alemania, el Palatinado, los habitantes tuvieron que cambiar su religión seis veces en menos de un siglo debido a que sucesivos gobernantes representaron una fe religiosa diferente.
Cuando fue revocado el edicto de Nantes, los hugonotes fueron perseguidos de nuevo en Francia. Las atrocidades que se cometieron en nombre de la unidad religiosa del reino finalmente despertaron la conciencia pública.
Luis XVI concedió reconocimiento legal a los protestantes en 1787 mediante un edicto de tolerancia.
En 1804 el emperador Napoleón proclamó que su intención y firme determinación que se mantuviera la libertad de cultos. Afirmó su convicción de que el dominio de la ley termina donde comienza el dominio de la conciencia, y que ni la ley ni los gobernantes pueden hacer nada contra esa libertad.
Pero esa libertad fue oficialmente condenada por el papa Pío IX en el Syllabus Errorum en 1864. La separación formal y completa de la iglesia y el Estado sólo se hizo efectiva en Francia en 1905.
