Humanistas y evangélicos hicieron intentos para reformar la iglesia durante el reinado de Francisco I (1515-1547).
Entre ellos se destacaron los fabrisianos o seguidores de Lefèvre d'Étaples (Faber Stapulensis). En 1521 se congregaron alrededor de Guillermo Briconnet, obispo de Meaux. Se esforzaron por eliminar los abusos de la iglesia y para que hubiera una predicación más evangélica.
La más influyente en auspiciar este movimiento humanístico precursor del calvinismo fue Margarita de Navarra, hermana del rey Francisco. Culta e interesada en las ideas de los "biblicistas" o expertos en la Biblia, invitaba a algunos de ellos para que predicaran en el Louvre, el palacio real de París.
Ella escribió una cantidad de obras que tienen un sabor luterano, especialmente El espejo del alma Pecaminosa, en 1531. Dentro de unas condiciones políticas cambiantes, el rey de Francia intermitentemente estuvo interesado en las nuevas ideas y favoreció a los "luteranos" de Francia. Cuando necesitó de la ayuda de los príncipes luteranos alemanes, los luteranos de Francia tuvieron un intervalo de alivio.
El primo del rey, Luis de Berquin, era un "luterano" francés destacado, pero mal aconsejado. Fue ejecutado por su fe en 1529. "Si Francisco lo hubiese apoyado hasta el fin, él [Berquin] hubiera sido el Lutero de Francia" (Teodoro de Beza, Schaff-Herzog Encyclopedia of Religious Knowledge, t. 2, p. 69).
Después de la muerte de Francisco I y de su inteligente hermana, los reyes de Francia trataron de restaurar el catolicismo romano. Entre tanto el grupo minoritario protestante -los hugonotes- se había convertido en partido político. Pronto los hugonotes contaron con algunos nobles destacados: Enrique de Navarra, Antonio de Borbón, el almirante Coligny y Luis de Condé, el mejor general de Francia en ese tiempo.
En 1562 estalló en Francia una guerra civil religiosa intermitente. Se debió a causas políticas y religiosas, y duró hasta 1594. El acontecimiento más destacado de ella fue la sangrienta matanza de San Bartolomé en agosto de 1572. Cuando los dirigentes de los hugonotes vinieron a París para asistir al matrimonio de su rey Enrique de Navarra, miles de ellos fueron asesinados junto con muchos millares de otros hugonotes.
Al hugonote Enrique, rey de Navarra y nieto de Margarita, se le ofreció la corona de Francia con la condición de que abjurara del protestantismo. Lo hizo por motivos políticos; pero durante su reinado, como el primero de la dinastía de los Borbones (1589-1610), favoreció a los hugonotes nombrándolos como ministros y mensajeros.
En 1598 promulgó el edicto de Nantes, que con sobrada ventaja fue el decreto más liberal concedido hasta ese entonces en la Europa occidental.
En él se declaraba que la religión católica era la religión nacional, pero concedía un notable grado de libertad a los hugonotes. No se los perseguiría más debido a la religión, pero no se permitiría la celebración de servicios religiosos de los reformadores en París o dentro de un radio de 35 km.
El decreto asignaba ciudades de refugio para los hugonotes, a quienes también se les daba el derecho de desempeñar cargos públicos. Enrique IV acababa de trazar con su ministro Sully un plan de paz y comprensión general, al que se denominaba el "gran proyecto", cuando fue asesinado por Ravaillac, un monje fanático, en 1610.
El edicto de Nantes fue parcialmente abrogado por el cardenal Richelieu en 1628 y completamente revocado por Luis XIV en 1685.
