A consecuencia de todo lo dicho y también de la falta de unidad doctrinal, más el surgimiento de sectas disidentes, surgió la intolerante y perseguidora institución conocida como el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición.
En los siglos anteriores los obispos tenían la función de descubrir las herejías, y cada uno debía actuar a la cabeza de un tribunal inquisitorial episcopal; pero ese trabajo había sido hecho con indiferencia, y las herejías, los cismas y las divisiones sectarias desmentían la unidad que la iglesia siempre había anhelado y proclamaba a toda voz. La Inquisición papal se ideó, pues, para ocupar el lugar de la función episcopal.
Gregorio IX, estimulado por el celo de las cruzadas, desafiado por el atrevido sectarismo demostrado por los albigenses, y con el ejemplo de disciplina autoritaria dado por Inocencio III, estableció formalmente en 1229 el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición.
Este instrumento de tortura y odio perseguía a todos los que eran sospechosos de herejía ante la iglesia, y cuando les probaba su culpabilidad los entregaba al Estado para ser castigados con prisión o para que murieran en la hoguera.
EL DIOS QUE YO CONOZCO
En el juicio final,
los hombres no serán condenados porque creyeron concienzudamente una mentira, sino porque no creyeron la verdad, porque descuidaron la oportunidad de aprender la verdad. No obstante los sofismas con que Satanás trata de establecer lo contrario, siempre es desastroso desobedecer a Dios. Debemos aplicar nuestros corazones a buscar la verdad. Todas las lecciones que Dios mandó registrar en su Palabra son para nuestra advertencia e instrucción. Fueron escritas para salvarnos del engaño. El descuidarlas nos traerá la ruina. Podemos estar seguros de que todo lo que contradiga la Palabra de Dios procede de Satanás.