Inocencio III se ocupó, además de las cruzadas, en otras actividades políticas.
El monarca Federico Barbarroja tuvo como sucesor en el trono a Enrique VI, casado con Constancia, heredera del reino de Sicilia que los normandos del sur de Italia habían rescatado del poder de los musulmanes.
Esto significó que toda Alemania y toda Italia quedaran unidas bajo el Santo Imperio Romano Germánico, un poderoso imperio que se esperaba que sería gobernado por el niño Federico II, hijo de Enrique.
Enrique VI murió pronto, y se produjo una lucha por el trono entre Felipe, hermano de Enrique, y un noble alemán de nombre Otón.
El papa Inocencio III mantuvo el equilibrio del poder en todo este conflicto, y en realidad fue virtualmente el emperador.
Finalmente Otón fue reconocido como el gobernante.
Más tarde Federico II llegó a ser emperador, y sostuvo una continua lucha con una sucesión de papas hasta que murió en 1250. Esta contienda por el poder debilitó tanto al imperio como al papado.
Inocencio III hizo más que dominar el Santo Imperio Romano Germánico. Obligó al rey Alfonso IX, de León, a que pusiera en orden sus asuntos matrimoniales, pues de lo contrario sería excomulgado.
Mantuvo a raya al atrevido rey Felipe Augusto, de Francia. Dirigió la ira papal contra el rey Juan de Inglaterra, y en realidad recibió de éste el reino de Inglaterra como una donación, y después se lo devolvió como una propiedad feudal del papado.
Este fue el rey Juan de quien los barones ingleses consiguieron en Runnymede, en 1215, la famosa Carta Magna, cuya primera disposición es que la Iglesia de Inglaterra sería libre.
Inocencio III también contribuyó a la evolución teológica de la Iglesia Romana, y consiguió que el Cuarto Concilio de Letrán (1215) aprobase la doctrina de la transubstanciación como un dogma de la iglesia.
Inocencio III autorizó y bendijo en 1208 una sangrienta cruzada contra los albigenses del sur de Francia, donde la cultura, la literatura y las artes, así como un progreso religioso independiente, habían alcanzado niveles excepcionales.
Como resultado de esa cruzada los albigenses fueron raídos sin misericordia.
