El pensamiento de los gnósticos causó un impacto sobre el cristianismo durante los años de la formación de la iglesia, y por esto influyó mucho en ella.
Las especulaciones y distorsiones del gnosticismo estimularon al pensamiento cristiano a resistir la herejía e indujeron a sus pensadores a formular una teología cristiana. El Evangelio de Juan debe considerarse como uno de los primeros intentos de hacerlo, escrito quizá para combatir al gnosticismo incipiente. Pero Orígenes es el primer escritor cristiano que elaboró una teología bastante sistemática.
El gnosticismo estimuló también a la iglesia cristiana para que acelerara la formación de una organización que tuviera autoridad, para que se constituyera una jerarquía sacerdotal, y para que se llegara, en cierta medida, a un acuerdo en cuanto al canon bíblico.
El énfasis que ponía en los espíritus del mundo invisible sin duda motivó a la iglesia cristiana a tomar ideas paganas acerca del estado consciente de los muertos.
Es muy probable que la jerarquía de espíritus de los gnósticos sirviera para que la iglesia desarrollara su veneración por los santos.
El gnosticismo indujo a la iglesia a practicar un método especulativo y sumamente alegórico de interpretación de la Biblia.
Además, indujo al cristianismo a que abrazara la tradición como autoridad junto con las Escrituras.
Por cuanto el gnosticismo se oponía al judaísmo, el contacto con él aceleró la formación del antijudaísmo en la iglesia cristiana.
Como la escuela de teología cristiana alejandrina, bajo el liderazgo de Clemente y Orígenes, usaba el término "gnóstico" para referirse a su forma de vida y pensamiento cristianos, destacando el conocimiento intuitivo de los asuntos divinos, se ha pensado que esos líderes y sus escuelas fueron gnósticos en el sentido de lo que acabamos de mencionar.
Esto no es verdad. La escuela alejandrina fue una escuela especulativa y filosófica muy influida por el platonismo, y por lo tanto conocida más tarde como la escuela platónica del cristianismo.
Pero los cristianos alejandrinos combatían a los gnósticos que eran muy dados a la especulación, rechazaban la teoría de las emanaciones y de las tinieblas vencedoras, e insistían en la personalidad de Dios el Padre, en la deidad de Jesucristo y, en gran medida, en la personalidad del Espíritu Santo.
Identificaban al Jehová del Antiguo Testamento no como el demiurgo, sino como el Dios del Nuevo Testamento, y daban a las Escrituras un lugar de supremacía.
La escuela alejandrina contribuyó a la formación de la apostasía de los siglos posteriores, pero no por la vía del gnosticismo extremista.
