Enfraquecido pela enfermidade e reclusão, pois que o ar úmido e impuro do calabouço lhe acarretara uma febre que quase o levara à sepultura, Huss foi finalmente conduzido perante o concílio. Carregado de cadeias, ficou em pé na presença do imperador, cuja honra e boa fé tinham sido empenhadas em defendê-lo. Durante o longo processo manteve firmemente a verdade, e na presença dos dignitários da Igreja e Estado, em assembléia, proferiu solene e fiel protesto contra as corrupções da hierarquia. Quando se lhe exigiu optar entre o renunciar suas doutrinas ou sofrer a morte, aceitou a sorte de mártir.
Susteve-o a graça de Deus. Durante as semanas de sofrimento por que passou antes de sua sentença final, a paz do Céu encheu-lhe a alma. "Escrevo esta carta", dizia a um amigo, "na prisão e com as mãos algemadas, esperando a sentença de morte amanhã. … Quando com o auxílio de Jesus Cristo, de novo nos encontrarmos na deliciosa paz da vida futura, sabereis quão misericordioso Deus Se mostrou para comigo, quão eficazmente me sustentou em meio de tentações e provas." – ."--Emile de Bonnechose, The Reformers Before the Reformation: The Fifteenth Century : John Huss and the Council of Constance, livro 3, capítulo VI.
Na escuridão da masmorra previa o triunfo que teria a verdadeira fé. Volvendo em sonhos à capela de Praga, onde pregara o evangelho, viu o papa e seus bispos apagando as pinturas de Cristo que desenhara nas paredes. "Esta visão angustiou-o; mas no dia seguinte viu muitos pintores ocupados na restauração dessas figuras em maior número e cores mais vivas. Concluída que foi a tarefa dos pintores, que estavam rodeados de imensa multidão, exclamaram: "Venham agora os papas e os bispos; nunca mais as apagarão!" Disse o reformador ao relatar o sonho: "Tenho isto como certo, que a imagem de Cristo nunca se apagará. Quiseram destruí-la, mas será pintada de novo em todos os corações por pregadores muito melhores do que eu." – Jean Henri Merle D'Aubigne, History of the Reformation of the Sixteenth Century, livro 1, capítulo 6.
Pela última vez Huss foi levado perante o concílio. Era uma vasta e brilhante assembléia: o imperador, os príncipes do império, os delegados reais, os cardeais, bispos e padres, e uma vasta multidão que acorrera para presenciar os acontecimentos do dia. De todas as partes da cristandade se reuniram testemunhas deste primeiro grande sacrifício na prolongada luta pela qual se deveria conseguir a liberdade de consciência.