La Europa occidental no sólo fue desgarrada por las rivalidades entre protestantes y católicos, sino que entre los protestantes hubo interminables discusiones, a veces dentro de una misma denominación.
Los luteranos trataron de definir completamente sus puntos de vista en la llamada Fórmula de Concordia (1580). Los calvinistas alcanzaron cierto entendimiento acerca de sus enseñanzas en el sínodo de Dort en 1618 y también mediante el Consenso Helvético de 1675.
Las guerras de religión que torturaron a todos los países europeos hicieron que muchas personas repudiaran toda religión, y el resultado natural fue una reacción racionalista y anticristiano.
Muchos deístas ingleses, que concebían a Dios como un Ser tan lejano y ocupado en otros asuntos, que prácticamente no tenía tiempo para este mundo y sus problemas, se definieron categóricamente contra el conservadurismo eclesiástico de la Iglesia Anglicana y también contra el dogmatismo de los puritanos. La meta que proclamaban era volver a una religión natural y descartar la religión revelada, es decir, la religión de la Biblia.
El filósofo francés René Descartes (1596-1650) fue el padre del racionalismo. Su concepto de la verdad sostenía que todo lo que es percibido clara y distintamente es verdadero, y que incluso la vida puede ser percibida en el pensamiento tal como lo expresó en su bien conocida fórmula filosófica cogito ergo sum, "pienso, luego existo". Es un hecho que hubo una tendencia siempre creciente hacia la razón, hasta que ésta fue finalmente deificada y se le rindió culto por un corto período durante la Revolución Francesa. Los que no descartaron del todo el cristianismo trataron de hacer que se conformara con la razón.
John Locke (1632-1704) rechazó como inadmisible todo lo que fuera contrario a la razón. En su obra titulada The Reasonableness of Christianity (1695) sostenía que la Biblia contiene verdades que la razón humana no puede descubrir y que son confirmadas por milagros; pero también afirmaba que en el mensaje central de las Escrituras no hay nada que sea contrario a la razón, y que los milagros no son contrarios a la razón. Destacando la ética de Jesús y la concordancia del cristianismo con la razón, Locke esperaba pasar por alto la argumentación teológica. Era un ardiente partidario de la tolerancia religiosa.
Algunos hombres de ciencia mantuvieron su lealtad a las enseñanzas de la religión revelada tal como se presenta en las Escrituras.
Un ejemplo notable fue Isaac Newton (1642-1727), verdadero genio en el campo de las matemáticas y de la física y autor de la teoría de la gravitación universal. Newton sostenía que las ideas sobre el tiempo y el espacio no son absolutas, conceptos que fueron examinados nuevamente por Alberto Einstein, quien en sus estudios acerca de la relatividad postuló que las nociones humanas en cuanto al tiempo y al espacio son relativas, pues dependen del observador.
Newton fue un consagrado y ferviente estudiante de las profecías bíblicas. Einstein hablaba de Newton no sólo como de un inventor genial respecto a métodos específicos y a demostraciones matemáticas y físicas, sino también como un perfecto conocedor del material empírico conocido en sus días.
En sus estudios Newton siguió la profecía bíblica a través de la historia. Estaba bien capacitado para hacerlo debido a su conocimiento de cronología y astronomía. Su obra póstuma Observations Upon the Prophecies of Daniel and the Apocalypse of St. John (1733), fue el resultado de muchos años de estudio.
