Notícias da obra em Praga foram levadas a Roma, e Huss foi logo chamado a comparecer perante o papa. Obedecer seria expor-se à morte certa. O rei e a rainha da Boêmia, a Universidade, membros da nobreza e oficiais do governo, uniram-se num apelo ao pontífice para que fosse permitido a Huss permanecer em Praga e responder a Roma por meio de delegação. Em vez de atender a este pedido, o papa procedeu ao processo e condenação de Huss, declarando então achar-se interditada a cidade de Praga.
Naquela época, esta sentença, quando quer que fosse pronunciada, despertava geral alarma. As cerimônias que a acompanhavam, eram de molde a encher de terror ao povo que considerava o papa como representante do próprio Deus, tendo as chaves do Céu e do inferno, e possuindo poder para invocar juízos temporais bem como espirituais. Acreditava-se que as portas do Céu se fechavam contra a região atingida pelo interdito; que, até que o papa fosse servido remover a excomunhão, os mortos eram excluídos das moradas da bem-aventurança. Como sinal desta terrível calamidade, suspendiam-se todos os cultos. As igrejas foram fechadas. Celebravam-se os casamentos no pátio da igreja. Os mortos, negando-se-lhes sepultamento em terreno consagrado, eram, sem os ritos fúnebres, inumados em fossos ou no campo. Assim, por meio de medidas que apelavam para a imaginação, Roma buscava dirigir a consciência dos homens.
A cidade de Praga encheu-se de tumulto. Uma classe numerosa denunciou Huss como a causa de todas as suas calamidades, e rogaram fosse ele entregue à vingança de Roma. Para acalmar a tempestade, o reformador retirou-se por algum tempo à sua aldeia natal. Escrevendo aos amigos que deixara em Praga, disse: "Se me retirei do meio de vós, foi para seguir o preceito e exemplo de Jesus Cristo, a fim de não dar lugar aos mal-intencionados para atraírem sobre si a condenação eterna, e a fim de não ser para os piedosos causa de aflição e perseguição. Retirei-me também pelo receio de que os sacerdotes ímpios pudessem continuar por mais tempo a proibir a pregação da Palavra de Deus entre vós; mas não vos deixei para negar a verdade divina, pela qual, com o auxílio de Deus, estou disposto a morrer." – Bonnechose, The Reformers Before the Reformation (Os Reformadores Antes da Reforma), vol. 1, p. 87.
Huss não cessou seus labores, mas viajou pelo território circunjacente, pregando a ávidas multidões. Destarte, as medidas a que o papa recorrera a fim de suprimir o evangelho, estavam fazendo com que este mais largamente se estendesse. "Nada podemos contra a verdade, senão pela verdade." 2 Coríntios 13: 8.
