Las noticias de la obra hecha en Praga llegaron a Roma y pronto fue citado Hus a comparecer ante el papa. Obedecer habría sido exponerse a una muerte segura. El rey y la reina de Bohemia, la universidad, miembros de la nobleza y altos dignatarios dirigieron una solicitud general al pontífice para que le fuera permitido a Hus permanecer en Praga y contestar a Roma por medio de una diputación. En lugar de acceder a la súplica, el papa procedió a juzgar y condenar a Hus, y, por añadidura, declaró a la ciudad de Praga en entredicho.
En aquellos tiempos, siempre que se pronunciaba tal sentencia, la alarma era general. Las ceremonias que la acompañaban estaban bien calculadas para producir terror entre el pueblo, que veía en el papa el representante de Dios mismo, y el que tenía las llaves del cielo y del infierno y el poder para invocar juicios temporales lo mismo que espirituales. Creían que las puertas del cielo se cerraban contra los lugares condenados por el entredicho y que entretanto que el papa no se dignaba levantar la excomunión, los difuntos no podían entrar en la mansión de los bienaventurados. En señal de tan terrible calamidad se suspendían todos los servicios religiosos, las iglesias eran clausuradas, las ceremonias del matrimonio se verificaban en el patio de la iglesia; a los muertos se les negaba sepultura en los camposantos, y se los enterraba sin ceremonia alguna en las zanjas o en el campo. Así pues, valiéndose de medios que influían en la imaginación, procuraba Roma dominar la conciencia de los hombres.
La ciudad de Praga se amotinó. Muchos opinaron que Hus tenía la culpa de todas estas calamidades y exigieron que fuese entregado a la vindicta de Roma. Para que se calmara la tempestad, el reformador se retiró por algún tiempo a su pueblo natal. Escribió a los amigos que había dejado en Praga: "Si me he retirado de entre vosotros es para seguir los preceptos y el ejemplo de Jesucristo, para no dar lugar a que los mal intencionados se expongan a su propia condenación eterna y para no ser causa de que se moleste y persiga a los piadosos. Me he retirado, además, por temor de que los impíos sacerdotes prolonguen su prohibición de que se predique la Palabra de Dios entre vosotros; mas no os he dejado para negar la verdad divina por la cual, con la ayuda de Dios, estoy pronto a morir."- E. de Bonnechose, Les Réformateurs avant la Réforme (Los Reformadores antes de la Reforma), lib. I, págs. 94, 95 (París, 1845).
Hus no cesó de trabajar; viajó por los países vecinos predicando a las muchedumbres que le escuchaban con ansia. De modo que las medidas de que se valiera el papa para suprimir el Evangelio, hicieron que se extendiera en más amplia esfera. "Nada podemos hacer contra la verdad, sino a favor de la verdad." (2 Corintios 13: 8 V.M).
