En la iglesia se enseñaban y practicaban penitencias desde antes el Concilio de Nicea (325 d. C.).
Estas incluían los siguientes pasos:
(1) contrición del corazón,
(2) confesión de boca,
(3) satisfacción mediante buenas obras y
(4) absolución o perdón de los pecados, que era pronunciada por el sacerdote en el nombre de Dios.
Durante el siglo VIII, en algunos países, por lo menos algunas de las buenas obras podían ser sustituidas por una compensación monetaria hecha a la iglesia. Este fue el origen de las indulgencias.
Las primeras fueron concedidas en el siglo XI a los que "con devoción" fueron a las cruzadas y también a los que hacían ciertas contribuciones para los cruzados o, más tarde, para los varios proyectos de la iglesia. La absolución precedía ahora a la prescripción de la penitencia.
La penitencia fue declarada un sacramento en el siglo XIII; pero transcurrió más de un siglo antes de que la teología de las indulgencias fuera explicada como un pago de la deuda de la penitencia a la "tesorería de los méritos" de la iglesia, del cual el papa podía sacar y conceder.
Se prometía que junto con la confesión del penitente al sacerdote, Dios perdonaba al culpable los pecados confesados y lo libraba del castigo eterno; pero que el pecador aún tenía que sufrir el castigo temporal en esta vida o en el purgatorio antes de que pudiera entrar en el cielo.
Una indulgencia era el perdón de todo o de parte del castigo temporal que era necesario pagar debido al pecado aun después de que el pecador había sido perdonado. El perdón era concedido con la condición de la penitencia y de hacer las buenas obras que se prescribían, como oraciones u otras buenas obras, o dar dinero a la iglesia.