Chamado à decisão final, Huss declarou recusar-se a renunciar e, fixando o olhar penetrante no imperador, cuja palavra empenhada fora tão vergonhosamente violada, declarou: "Decidi-me, de minha espontânea vontade, a comparecer perante este concílio, sob a pública proteção e fé do imperador aqui presente." – Bonnechose, livro III, cap. VII. Intenso rubor avermelhou o rosto de Sigismundo quando o olhar de todos na assembléia para ele convergiu.
Pronunciada a sentença, iniciou-se a cerimônia de degradação. Os bispos vestiram o preso em hábito sacerdotal, e, enquanto recebia as vestes de padre, disse: "Nosso Senhor Jesus Cristo estava, por escárnio, coberto com um manto branco, quando Herodes o mandou conduzir perante Pilatos." – Bonnechose. Sendo de novo exortado a retratar-se, replicou, voltando-se para o povo: "Com que cara, pois, contemplaria eu os Céus? Como olharia para as multidões de homens a quem preguei o evangelho puro? Não! aprecio sua salvação mais do que este pobre corpo, ora destinado à morte." As vestes foram removidas uma a uma, pronunciando cada bispo uma maldição ao realizar sua parte na cerimônia. Finalmente "puseram-lhe sobre a cabeça uma carapuça, ou mitra de papel em forma piramidal, em que estavam desenhadas horrendas figuras de demônios, com a palavra ‘Arqui-herege’ bem visível na frente. ‘Com muito prazer’, disse Huss, ‘levarei sobre a cabeça esta coroa de ignomínia por Teu amor, ó Jesus, que por mim levaste uma coroa de espinhos.’"
Quando ficou assim trajado, "os prelados disseram: ‘Agora votamos tua alma ao diabo.’ ‘E eu’, disse João Huss, erguendo os olhos ao Céu, ‘entrego meu espírito em Tuas mãos, ó Senhor Jesus, pois Tu me remiste’." – Wylie, livro 3, cap 7.
Foi então entregue às autoridades seculares, e levado fora ao lugar de execução. Imenso séquito o acompanhou: centenas de homens em armas, padres e bispos em seus custosos trajes e os habitantes de Constança. Quando estava atado ao poste, e tudo pronto para acender-se o fogo, o mártir uma vez mais foi exortado a salvar-se renunciando aos seus erros. "A que erros", diz Huss, "renunciarei eu? Não me julgo culpado de nenhum. Invoco a Deus para testemunhar que tudo que escrevi e preguei assim foi feito com o fim de livrar almas do pecado e perdição; e, portanto muito alegremente confirmarei com meu sangue a verdade que escrevi e preguei." – Wylie, livro 3, cap 7. Quando as chamas começaram a envolvê-lo, põs-se a cantar: "Jesus, Filho de Davi, tem misericórdia de mim", e assim continuou até que sua voz silenciou para sempre.
Mesmo os inimigos ficaram tocados com seu procedimento heróico. Um zeloso adepto de Roma, descrevendo o martírio de Huss, e de Jerônimo que morreu logo depois, disse: "Ambos se portaram com firmeza de ânimo quando se lhes aproximou a última hora. Prepararam-se para o fogo como se fosse a uma festa de casamento. Não soltaram nenhum grito de dor. Ao levantarem-se as chamas, começaram a cantar hinos, e mal podia a veemência do fogo fazer silenciar o seu canto." – Wylie, livro 3, cap 7.