Em outra carta, a um padre que se tornara discípulo do evangelho, Huss falava com profunda humildade de seus próprios erros, acusando-se "de ter sentido prazer em usar ricas decorações e haver despendido horas em ocupações frívolas". Acrescentou então estes tocantes conselhos: "Que a glória de Deus e a salvação das almas ocupem tua mente, e não a posse de benefícios e bens. Acautela-te de adornar tua casa mais do que tua alma; e, acima de tudo, dá teu cuidado ao edifício espiritual. Sê piedoso e humilde para com os pobres; e não consumas teus haveres em festas. Se não corrigires tua vida e te refreares das superfluidades, temo que sejas severamente castigado, como eu próprio o sou. … Conheces minha doutrina, pois recebeste minhas instruções desde tua meninice; é-me, portanto, desnecessário escrever-te mais a respeito. Mas conjuro-te, pela misericórdia de nosso Senhor, a não me imitares em nenhuma das vaidades em que me viste cair." No invólucro da carta acrescentou: "Conjuro-te, meu amigo, a não abrires esta carta antes que tenhas a certeza de que estou morto." -Emile de Bonnechose, The Reformers Before the Reformation: The Fifteenth Century : John Huss and the Council of Constance, book II, chapter I.
Em sua viagem, Huss por toda parte observou indícios da disseminação de suas doutrinas e o favor com que era considerada sua causa. O povo aglomerava-se ao seu encontro, e em algumas cidades os magistrados o escoltavam pelas ruas.
Chegado a Constança, concedeu-se a Huss plena liberdade. Ao salvo-conduto do imperador acrescentou-se uma garantia pessoal de proteção por parte do papa. Mas, com violação destas solenes e repetidas declarações, em pouco tempo o reformador foi preso, por ordem do papa e dos cardeais, e lançado em asquerosa masmorra.
Mais tarde foi transferido para um castelo forte além do Reno e ali conservado prisioneiro. O papa, pouco lucrando com sua perfídia, foi logo depois entregue à mesma prisão. – Id., vol. 1, p. 247. Provara-se perante o concílio ser ele réu dos mais baixos crimes, além de assassínio, simonia e adultério – "pecados que não convém mencionar". Assim o próprio concílio declarou; e finalmente foi ele despojado da tiara e lançado na prisão. Os antipapas também foram depostos, sendo escolhido novo pontífice.
Se bem que o próprio papa tivesse sido acusado de maiores crimes que os de que Huss denunciara os padres, e contra os quais exigira reforma, o mesmo concílio que rebaixou o pontífice tratou também de esmagar o reformador.
O aprisionamento de Huss despertou grande indignação na Boêmia. Nobres poderosos dirigiram ao concílio protestos veementes contra o ultraje. O imperador, a quem repugnava permitir a violação de um salvo-conduto, opôs-se ao processo que lhe era movido. Mas os inimigos do reformador eram maus e decididos. Apelaram para os preconceitos do imperador, para os seus temores, seu zelo para com a igreja. Aduziram argumentos de grande extensão para provar que "não se deve dispensar fé aos hereges, tampouco a pessoas suspeitas de heresia, ainda que estejam munidas de salvo-conduto do imperador e reis". – Jacques Lenfant, History of the Council of Constance, vol. 1, p. 516. Assim, prevaleceram eles.