Pedro, debido a la presión que tuvo que soportar, "se apartaba" de los gentiles, no confraternizando más con ellos, y se unió con los partidarios del ritualismo que provenían de Jerusalén. "Aun Bernabé fue también arrastrado" y se oponía a Pablo (Gál. 2:13).
Pero Pablo no estaba dispuesto a permitir que fuera infructífera la victoria ganada en Jerusalén. Resistió a Pedro "cara a cara" (vers. 11) utilizando el argumento de que "el hombre no es justificado por las obras de la ley, sino por la fe de Jesucristo". A esto añadió: "Nosotros también hemos creído en Jesucristo, para ser justificados por la fe de Cristo y no por las obras de la ley, por cuanto por las obras de la ley nadie será justificado" (vers. 16).
La controversia sobre este asunto hizo que Pablo escribiera la Epístola a los Gálatas algunos años después, para contrarrestar la influencia de los judaizantes que seguían los pasos de Pablo y trabajaban entre sus conversos.
Debe considerarse que esta situación también es el antecedente de la Epístola a los Romanos, escrita por Pablo probablemente alrededor del mismo tiempo en que escribió la de los Gálatas.
El problema del judaísmo continuó creando perplejidades y dificultades a la iglesia cristiana durante más de dos siglos.
Se escribieron algunas obras en cuanto a la supuesta controversia entre Pedro y Pablo acerca del tema de los judaizantes. Entre esas obras son típicas las llamadas Reconocimientos de Clemente y Homilías Clementinas.
En esos relatos imaginarios se describe a Pedro envuelto en una discusión con Simón el Mago, y se afirma que vez tras vez el apóstol venció a su oponente, tanto en las disputas como en los milagros hechos.
Es posible que esos escritos fueran producidos por el grupo judaizante que reconocía a Pedro como el apóstol de la circuncisión, quienes para convertirlo en el paladín de la lucha para conservar el judaísmo en la iglesia cristiana emplearon a Simón el Mago como la figura del opositor de Pedro, cuando en realidad se tenía en mente al apóstol Pablo.
Sea como fuere, la contienda fue muy real y produjo un encono creciente entre los dos bandos dentro de la iglesia. Es posible que el partido judaizante hubiera transmitido algunos de sus sentimientos a los judíos en general. Sin duda esto aumentó el rencor con que los judíos consideraban a la secta cristiana.
Un ejemplo puede verse en el ataque de que fue víctima Pablo en Jerusalén cuando regresó a esa ciudad después de su tercer viaje. El resultado fue su arresto y encarcelamiento, y su posterior traslado a Roma.
Como reacción natural de la iglesia cristiana, hubo un esfuerzo de los cristianos gentiles para escapar, en todo lo posible, de las influencias de los judíos y de que se los confundiera con éstos.
Como se destacará después, este deseo de evitar cualquier parecido con los judíos introdujo cambios notables en las creencias, las formas y las prácticas del cristianismo, a medida que se incorporaban en la iglesia grandes cantidades de gentiles que no tenían simpatía por el judaísmo.